200年前，超元世界的人類和來(lái)自其他世界的怪獸發(fā)生了戰(zhàn)爭(zhēng)。為了對(duì)抗強(qiáng)大的怪獸，人類發(fā)明了超元卡裝置，將怪獸封印在超元卡中，結(jié)束了戰(zhàn)爭(zhēng)。主人公云天曾是一位熱愛(ài)超元卡比賽的少年，但是體質(zhì)特殊的他無(wú)法控制好超元卡中的怪獸能量。一天，他意外從爸爸發(fā)掘的古遺跡中獲得了一個(gè)神奇的卡盒。云天決定前往尋找4張傳說(shuō)超元卡，希望用向超元卡許愿的方式找回哥哥。就這樣，云天告別了父母，踏上旅程。
