第三季故事開(kāi)始于第二獨(dú)立團(tuán)抵達(dá)查爾斯頓七個(gè)月后。在此期間，查爾斯頓被指定為「新美利堅(jiān)合眾國(guó)」的首都，Tom Mason被推選為政治領(lǐng)袖（相當(dāng)于總統(tǒng)）。但他大多數(shù)時(shí)間不是待在辦公室里處理政務(wù)，還是率領(lǐng)軍隊(duì)頑強(qiáng)抵抗外星入侵者的一次次進(jìn)攻。與前任Manchester博士比起來(lái)，Tom在對(duì)待外星人的態(tài)度上更具侵略性也更主動(dòng)。查爾斯頓政府與起義的「突擊者」形成了不太牢靠的聯(lián)盟關(guān)系，Tom讓「突擊者」起義軍留在查爾斯頓與人類并肩作戰(zhàn)，但這引發(fā)了一些人類的不滿，兩個(gè)種族的關(guān)系持續(xù)緊張。「突擊者」起義軍在戰(zhàn)斗前總是將臉上涂滿紅黃相間的條紋，以紀(jì)念在第二季結(jié)尾英勇?tīng)奚念I(lǐng)袖「紅眼」。Tom的兒子Ben現(xiàn)在是查爾斯頓政府與「突擊者」起義軍之間的聯(lián)絡(luò)人。無(wú)論人類還是「突擊者」都明白，他們即便聯(lián)手也很難打敗強(qiáng)大的敵人——此前被第二獨(dú)立團(tuán)戲稱為「魚頭」的外星種族Espheni。雖然他們的君王已死，但另一個(gè)更強(qiáng)大、更邪惡的君王剛剛繼承了統(tǒng)治權(quán)。更糟糕的是，一個(gè)全新的外星種族在雙方激戰(zhàn)正酣時(shí)抵達(dá)地球并迅速投身戰(zhàn)場(chǎng)。