共に海洋學(xué)者を父に持つ健一とヘレンは父親と一緒に謎の飛行物體が海に降りるところを目撃する。４人はボートで現(xiàn)場(chǎng)へ向かったが、突然海中からの光線を浴びて見(jiàn)知らぬ場(chǎng)所へと連れ去られてしまう。そこは宇宙船の中であった。現(xiàn)われた女性は自らをジグラ星人と名乗り、自分達(dá)の優(yōu)れた科學(xué)力を証明するためと言って彼らの目の前で東京にマグニチュード１３の大地震を発生させた。未曾有の大災(zāi)害中、ジグラ星人は人類(lèi)に降伏を要求した。海に住むジグラ星人は、自分達(dá)の星の海を公害で汚してしまったために移住先として美しい海を持つ星を探し、４８０光年離れた地球を見(jiàn)つけたのだと言う。ジグラは海を占領(lǐng)するだけでなく人類(lèi)を食料にしようと目論んでいるのだ。子供達(dá)は宇宙船からなんとか脫出したが、彼らを追ってジグラ星人を名乗る女性も上陸した。一方、ガメラの火炎攻撃を受けた宇宙船は爆発し、海中を飛ぶように...