1991年，香港黑幫三合會會員劉健明（劉德華）聽從老大韓琛（曾志偉）的吩咐，加入警察部隊成為黑幫臥底，韓琛許諾劉健明會幫其在七年后晉升為見習(xí)督察。1992年，警察訓(xùn)練學(xué)校優(yōu)秀學(xué)員陳永仁（梁朝偉）被上級要求深入到三合會做臥底，終極目標(biāo)是成為韓琛身邊的紅人。2002年，兩人都不負重望，也都身背重壓，劉健明漸想成為一個真正的好人，陳永仁則盼著盡快回歸警察身份。重案組從陳永仁手中獲悉一批毒品交易情報，鎖緊目標(biāo)人物韓琛，沒料情報被劉健明泄出，雙方行動均告失敗。但此事將雙方均有臥底的事實暴露，引發(fā)雙方高層清除內(nèi)鬼的決心。命運迥異又相似的劉健明和陳永仁開始在無間道的旅程中接受嚴(yán)峻考驗。