寇克將軍，歡迎您重返企業號！一團碩大無朋的高能離子云，在遙遠而神秘的太空中迅疾地飄移。這團能量云具有無堅不摧的威力，足以毀滅宇宙間任何物質結構。在它所劃過的軌跡上，早已有好幾艘分屬銀河三大勢力的星艦遇難了……地球-銀河系星球聯邦的重鎮，星際艦隊總部的所在地。在位于北美洲舊金山的星際聯邦艦隊總部，寇克將軍正像往常一樣百無聊賴無所事事，突然間卻接到了一個再好不過的命令檢視企業號準備執行緊急任務。原來地球的防衛體系己經發現了那團高能離子云，而且偵測出它正對準地球飛來。寇克將軍的任務，就是要趕在它到達地球之前，率領企業號先迎上去一探究竟。闊別了將近十年，當寇克重新登上企業號時，內心的興奮與激動真是難以形容。可是當他隨著現任的艦長迪卡檢閱過了人員與裝備之后，卻又不禁興起不少陌生的感覺。因為經過這些年來的不斷改良，企業號的功能與威力都增強了許多，但也因而使得前任的艦長寇克將軍有點摸不著頭緒了。不過還好的是，接下來馬上就有很大的驚喜沖淡了這份陌生感神通廣大的寇克竟然在短時間之內幾乎把老戰友都找齊了！例外的只有史波克先生，他因為正在瓦肯星進行高深的修煉，所以沒有辦法趕來，成了這次任務的唯一遺憾。由于寇克是星際艦隊的高級長官，所以在出發之后，迪卡艦長只好很不情愿地暫時交出指揮權。一開始的時候，兩位新舊艦長之間難免有些成見與摩擦，但漸漸地就因為相互了解而變得惺惺相惜。寇克發現迪卡的確是個優秀稱職的好艦長，而迪卡也開始真正地把寇克敬作父執。原來迪卡的父親也曾做過寇克部下，后來卻不幸在末日武器那個事件中英勇犧牲了。企業號上的新面孔，除了迪卡艦長之外，還有一位美麗的女領航員伊莉雅。雖然她是德羅坦星人，但除了有頭發之外，卻是地球人眼中的標準美女，連迪卡艦長都曾與她有過一段羅曼史。在迎向能量云的途中，企業號突然發生嚴重故障，不得不把速度減慢下來。沒想到此時史波克卻意外地出現了，使得所有的老戰友全都興奮不已。原來史波克還是沒有通過最后的考驗，他體內深藏的人性仍然無法根除。當史波克面對現實完全想通之后便決定還是回到星際艦隊來繼續服役。不過，在精通心理學而洞悉人性的麥考伊眼中，卻已經看出了寇克與史波克的復雜心情。他感覺到他們最關心的似乎并不是這次的任務，而是返企業號的成就感。由于史波克的高超能力，很快就幫史考特等人排除了一切故障，使得企業號能及時迎上那團能量云。不料正當穿進云層時，伊莉雅卻突然被一種不知名的力量擄走，然后卻又傳送回來了一個與她一模一樣的復制人。據這個復制的伊莉雅說，她是那團云派來作為雙方溝通的媒介。原來這團云竟然是個有智慧的個體！它透過假伊莉雅，宣稱自己的名字叫『威者』（V’ger），正要航向地球去尋找自己的創造者，并且還要試圖與創造者結合。接著假伊莉雅又不顧眾人的疑惑，反而開始詢問有關企業號的問題。因為過去與伊莉雅的一段淵源，迪卡便理所當然地負責與這位假伊莉雅溝通，他還不時地利用這種特殊關系，試著向她套取更多威者的情報。當這團能量云還剩幾個小時就要到達地球時，史波克擅自偷了一艘小型登陸艇，單槍匹馬地駛向云層內部，試著用瓦肯人的心靈感應術與它溝通。結果史波克發現威者竟然是部活機器，它的故鄉在銀河系的另外一端，是一個全部由機器人統治的星球。雖然威者具有無比強大的威力，卻與人類一樣有個始終無法解開的謎-不知道自己的生命從何而來？但史波克不能了解的是，它為什么要到地球去尋找答案？因為無法阻止威者，企業號只好隨著它一起航向地球。到達地球之后，威者立刻開始用各種訊號呼喚它的創造者，結果當然是得不到回音。但又不知是什么緣故，威者卻認為這全是地球上的『碳基生命』干擾所致，因此決定要把所有的生物全部消滅！好在寇克急中生智，騙假伊莉雅說創造者必須先與威者面對面接觸，然后才肯回答它的問題。假伊莉雅信以為真，便帶領寇克、史波克、麥考伊與迪卡一起走向能量云的核心。沒想到卻發現里面只有一艘老式的宇宙飛船在300年前從地球發射的『航海家二號』（Voyager-Ⅱ）。原來它在飛過了那個機器人的世界之后，被改造成一部有智慧與意識的機器，然后又繼續執行人類在三百年前賦予它的原始命令『搜集一切資料并立刻傳回地球』。真相大白之后，威者卻又提出一個更驚人的要求，它說它想要真正地擁抱自己的創造者-人類。于是迪卡艦長自告奮勇，在一片奇異耀眼的光芒中，與威者以及復制的伊莉雅結合成一體。威者融合了迪卡與伊莉雅的人性，變成一種嶄新的生命形態，心滿意足地離開地球，繼續它無盡的宇宙探險。地球的危機也就此化解。