《打黑重案組》故事發生在南方市，當地的公安局打黑重案組遭遇到一樁棘手案件。在破案過程中，重案組受到各種各樣的阻撓，案件偵破幾度中斷。但公安局長和乾警們不為困難所阻，不顧自己和家人所遭受的苦痛，堅持調查最終查清案情，一舉打掉了南方市的黑惡組織。2006年初秋，濱州市、香港喬氏地產公司駐濱州市項目代表鄭天京被人在住所謀殺，他的尸體當晚被埋進了工地垃圾堆中……市公安局長陸嘯天(盧奇飾)命刑警支隊重案組長劉英來(祝延平飾)率重案組成員姚晃(吳樾飾)、依蔓(李依蔓飾)和飛飛(馬丁諾飾)趕到案發現場投入偵查工作。重案組嚴格對死者死亡時間保密，發現死者與龍心集團董事長張偉及其部屬有密切聯系。張偉出身黑社會團伙，掌控濱州市黑白兩道……同時，被劉英杰逮捕的殺手大腳(李槐龍飾)從服刑地新疆脫逃，潛回濱州市，被老大張偉窩藏起來。大腳仇視劉英杰，打算干掉劉英杰……重案組民警李曉(于齡童飾)和派出所民警聯手捉拿大腳，大腳老奸巨滑溜掉。張偉得知大腳出外生事，將他訓斥一頓，命他在密室上網，不準外出……