決定歷史命運的鳥羽伏見之戰，在維新軍的強大攻勢下，幕府一方兵敗如山倒，縱使心有不甘，云集了諸多高手的新選組也不得不在歷史潮流的面前低頭，吞下戰敗的苦果。在某個夜晚，雪村千鶴（桑島法子配音）目睹了土方歲三（三木真一郎配音）被羅剎之血所折磨的痛苦一刻。另一方面，戰勝者漸次逼近江戶，新選組必須在此之前撤出江戶，前往會津。風云突變的緊要關頭，土方歲三不辭而別，沖田總司的健康狀況已經到了崩潰邊緣，而近藤勇（大川透配音）也傳出了即將問斬的消息。曾經風光一時的新選組，在時代更迭的浪潮中迎來了黯然的落幕時刻……